La microbiota intestinal es el conjunto de microorganismos o bacterias que residen en el intestino, que es un gran número. Según apunta el Dr. Gonzalo Guerra Azcona, director médico de CMED, es de unos 100 billones.

La microbiota o flora intestinal se adquiere desde el momento del parto, por transmisión de la madres y a través de los alimentos que se van ingiriendo.

La microbiota intestinal tiene muchas funciones, pero las principales son 3: la defensa frente a otras bacterias nocivas que nos pueden hacer enfermar (enseña a nuestro sistema inmunitario a defenderse); la sintetización y absorción de los nutrientes de los alimentos; y la de condicionar nuestro estado de ánimo y comportamiento. De hecho, el aparato digestivo es denominado el "segundo cerebro" dado que en él existen gran cantidad de neuronas.